Fondée en 1899, la ville adopte le nom de Windsor, qui rappelle la ville de Windsor dans le Berkshire en Grande-Bretagne, en 1914. Même si la ville a été incorporée en 1899, les premiers colons, en provenance des États-Unis, s’y établirent cent ans plus tôt, et, avant eux, des campements abénaquis étaient dispersés sur le territoire windsorois.
En 1800, le gouverneur général Prescott cède un lopin de terre à Joseph Brown pour le remercier d’avoir servi la patrie. Les colons donnent alors à leur village le nom de Lower Brompton. Le canton de Windsor est ensuite constitué en 1802, lors de la formation des cantons à l’est du Bas-Canada. L’année suivante, deux moulins sont construits au confluent des rivières Saint-François et Watopeka. Le développement est assuré avec l’arrivée, en 1852, de la voie ferrée Montréal-Sherbrooke, desservie par la St. Lawrence & Atlantic Railway Co. En 1855, on construit à Windsor la première usine à pâtes chimiques au Canada et, en 1864, la première poudrière au pays est inaugurée.